Používa sa hlavne pri liečbe povrchového zubného kazu u detí, ale taktiež u dospelých. Pomocou špeciálneho zariadenia sa ozón aplikuje na zdemineralizovaný povrch zuba. Zneškodňuje baktérie, ktoré vyvolávajú zubný kaz a aktivuje proces remineralizácie – obnovenia. Ozón taktiež nachádza uplatnenie pri dezinfekcii koreňových kanálikov počas endodontickej liečby (kanáliková liečba zubov), a najmä v prípadoch nákazy prudko nákazlivými baktériami alebo hubami odolnými voči liečbe antibiotikami.